単なるYZF-R1のツーリングバージョンではない。YZF-R1のもたらすエキサイトメントをよりカジュアルに、より広いステージで楽しむために生まれたFZ1は、実用域重視にリセッティングされたYZF-R1譲りの水冷直列4気筒ツインカム5バルブエンジンをアルミ製金型鋳造フレームに搭載した、ストリート最強のスーパーストリートスポーツだ。

自宅から市街地に至る一般道から郊外のセカンダリーロード、そして高速道路まで、ストリートという広いフィールドでの実用性を考えたパワーユニットは、'05年型のYZF-R1をベースとしながらこうしたシチュエーションで最も使われる50km/hから160km/hの速度域に焦点を当て、リファイン。
サブスロットルバルブを併用するフューエルインジェクションには、プレート型のロングノズルで4孔2方向噴射・高ダイナミックレンジ型のインジェクターを、そして排気系には管長や各パイプサイズなどの最適化を図りながら、4本のエキパイが1本に集合した部分にSUS(ステンレス)材の小型バルブを配置したEXUP(エグザップ)を装備する、途中に膨張室を持たないチャンバーレス構造のエキゾーストパイプと、O2センサー(ラムダセンサー)付の三元触媒を内蔵した、スペース効率を追求したヘキサゴン形状のショートタイプサイレンサーを採用。

YZF-R1と比較して約40％高く設定されたクランク慣性マスやカムプロファイルやギアレシオの見直しによって、最高出力を150PSに抑えながら実用域における後輪駆動力特性はYZF-R1を凌ぐ特性を獲得、従来のリッターエンジンのイメージを打ち破る50kmから120km/hにかけての速度域から右手に反応してさらに前に出て行くレスポンスと扱いやすさを実現している。
またO2センサーによって検出された排ガス中の残留酸素濃度情報を燃料供給系にフィードバックすることで、F.I.(フューエル・インジェクション)と併せてEU-3に適合する優れた環境性能を獲得している。

フレームは、ピボット周辺及びヘッドバイプ周りのアルミ材の肉厚をミリ単位でコントロールすることが可能な金型鋳造によるオールアルミ製で、縦・横・ねじれ方向の最適バランスを実現。
脚周りにはフロントに2003年型MotoGPマシンYZR-M1にて実績を持つ、「右−伸側」「左−圧側」の左右独立分担減衰力発生方式の43Φ倒立フロントフォークを採用。オイルの流れが常に一方向になることでセッティングの容易化が図られている。
リアには走行中のチェーン張力による駆動力への干渉を最小限に抑えるため、アーム長を629mmとしたCFアルミダイキャスト製トラス型軽量スイングアームを装備。
これらのディメンジョン設定により前寄りの着座位置を確保、前輪荷重配分は51％に高められ前輪の存在をより近くに感じながら、強烈な旋回性能と振り回せるハンドリングを楽しめる「前乗り感」を実現している。

脚廻りではYZF-R1と同一形状の軽量5本スポークタイプの前後ホイール。ヤマハ独自の板厚最適化技術によりハブ・リム間の剛性特性の最適化が図られ、軽量・高強度の基本要件を満たしつつスポーティーで精悍な外観となっている。
ブレーキは、フロントにYZF-R1と同サイズのΦ320mmディスクのフロントローターと剛性が高く制動時の反力によるキャリバー変形の少ないMOS×64型対向ピストン・ワンピースキャリバー、リアにはΦ245mmのローターとシングルポットピンスライド方式キャリバーをそれぞれ装備、高入力時の安定した制動力とコントロール性を実現している。

様々な機能とディテールを持つ各コンポーネントの集合体が、生命を持ったひとつの有機体として凝縮したようなボディデザインを採用。
エンジンを抱きかかえるような構成のフレーム、ショートマフラー、一体感を強調する２灯式ヘッドライト＆メーターなど、エンジンを中心としてボリューム感のあるスタイリングを形成しながら全体のコンパクト感、バワーの凝縮感を表現したモノライト・フィールを演出している。
また左側にデジタル表示の速度計、右側に指針式のアナログタコメータを配し、マシンのシルエットと同様凝縮感を漂わす新メーターパネルは、キーをひねるとバックライトが少しずつ浮かび上がるフェードイン機能を装備、エンジンの起動する際のライダーへの高揚感を誘う、マン・マシン・コミュニケーションを一層楽しめるアイテムとなっている。
このほかYZF-R1同様ユーザー独自に設定できるバックライト輝度の調整機能や、力の凝縮を演出するトップカバー付タンク、塊感をスポイルしないように極力薄く作られた個性的なテール廻りなど、ライディングに官能をもたらす重要なファクターとして美しいスタイリングが追求されている。