2000年のインターモトに「タンデムライドで10日間・3,000kmの走行を快適に行える高次元な走行性を有する、世界最高水準の欧州縦断ツアラー」という開発コンセプトを掲げ登場したFJR1300。
盗難抑止機構やABSに加え全車パニアケース標準装備で、ヨーロッパ縦断ツーリングを行うライダーたちからも高い支持を受けている。

より取り回しやすく、またラジエータからの排熱をより効率的かつライダーに当たらないように逃がす、空力、排熱特性を進化されたカウルスタイリング。
ボディ同色バックミラー、手元光軸調整ノブ付きの新型ヘッドライト、走行時の瞬間燃費計と平均燃費計、外気温の表示機能が追加された視認性に優れた新型メーター、ホワイトレンズ採用の前後フラッシャー、新型のテールライト、各種アクセサリーに対応する12V電源ソケットなど、インテリジェント・ハイパフォーマンス・ツアラーとしてコンセプトの熟成と進化をはかっている。
リヤフレームは全車標準のパニアケース装備を前提に、ケース装着時の車幅のスリム化のため形状の最適化が図られ、センタースタンド掛け時の操作性も向上させている。またリアフートレスト位置はタンデムライダーのポジションを考えたポジションで、居住性の向上が図られている。

130mmの調整幅を持つ電動可動式スクリーンは、さらに幅方向に最大30mm、2段階に調整が可能なサイドカウルバイザーによりライダーの膝や腰上廻りへの走行風の巻き込みを低減、高いウインドプロテクション効果を実現している。
ポジションは前後方向に最大11mm・3段階調整できるハンドル、上下方向に最大20mm・2段階に調整できるメインシートなど、ライダーの身長や体型に合わせた調整が可能で、快適なライディングの実現に寄与している。
またブレーキング時に、砂の浮いた舗装路や突然の降雨などによる路面μに変化によって起こるホイールロックによるスリップダウンを未然に防止し、安全で快適な走行を約束するABS(アンチロックブレーキシステム)、フロントの左右のブレーキキャリパーのうち右側ディスクの下側2個のピストンをリアブレーキに連動させ、残りの6個のピストンがフロントブレーキにより作動することで前後ブレーキバランスの最適化を図り路面状況や天候などの変化にも的確に対応して安全性の向上を確保するユニファイドブレーキシステムを標準装備している。

従来の「FI(フューエルインジェクション)+エアインダクション+三元触媒」の排出ガス浄化システムをベースに、性能向上を推進。制御系ではO2センサー(ラムダセンサ)をヒーター付きとするなど、より的確なコントロールを追求することで、次期欧州規制値(EU-3)をクリアーする優れた環境性能を実現している。
ラジエターは2つの強制冷却ファンを持つラウンド形状タイプ。従来の一般的なフラット型ラジエターと比べ有効放射面積が増え、渋滞時の排熱性の向上に貢献している。
またエアインレット形状の変更と遮熱板の追加により、車体内部の熱流れを大幅に改善しラジエターからの熱によるライダーへの影響を最小限に抑えている。